Situada en la calle de su nombre, se localiza al extremo de la población; a ella se accede a través de una suave pendiente que conduce a la puerta de la ermita. Debió construirse en los últimos años del siglo XVI ya que en el Primer Acta del Libro de Matrimonios aparece en 1594 un tal Juan López Rey, “de San Marcos” por lo cual, para esta fecha, ya debía estar construido San Marcos, revelando en su interior un esquema de constructivo muy sencillo propio de los años en que se lleva cabo. En la ermita de San Marcos se creaba el 16 de octubre de 1671 la Escuela de Cristo bajo la protección de Nuestra Señora y San Felipe Neri, congregación creada por Andrés Peralbo, en unas casas cercanas a la ermita. En 1834 la Congregación de San Felipe Neri fue exclaustrada, momento en que la ermita debió sufrir una fuerte intervención.
El exterior de este oratorio es muy sobrio y sencillo, destaca la fachada principal, muy lisa, terminada en astial, y perforada por un vano circular sobre la portada del siglo XIX, de medio punto, enmarcada por pilastras y coronada por el escudo de Diego Castell y Ros de Medrano, abad de Alcalá la Real, que debió colocar su escudo a comienzos del XVIII. La ermita del siglo XVII debió ser muy reformada en el siglo XVIII, cuando se consolidó en ella la cofradía de San Felipe Neri, momento en que también se llevaría a cabo la torre, de planta cuadrangular, construida en sillería y fue restaurada en 1980, por el arquitecto diocesano Carlos Luca de Tena. La torre recuerda la de la parroquial, pero su campanario es mucho más moldurado, como corresponde a una estética propia de la segunda mitad del XVIII. Sus perfiles quebrados y sus esbeltas formas, recuerdan las formas de trabajar de los maestros prieguenses, sobre todo a Juan de Dios Santaella.
En el interior presenta una sola nave, de cuatro tramos, cubierta con bóveda rebajada con lunetos. Los tramos están sostenidos por arcos fajones que apoyan en guardamalleta y cornisa corrida. Entre los tres primeros contrafuertes, hay capillas no muy profundas, cubiertas con bóvedas de cañón, el último tramo está ocupado por el coro alto. La cabecera es plana y va cubierta por una bóveda semiesférica con ocho fajas sobre pechinas y brazos muy cortos.
El frente principal, va cubierto por un retablo de madera policromando en verde y oro tallado por Juan de Dios Santaella hacia 1750. Está formado por banco, con sagrario y manifestador, cuerpo dividido en tres calles por medio de estípites y remate. La calle principal del retablo está adaptada a la imagen del Crucificado. Probablemente este retablo no pertenezca a esta ermita sino que fue trasladado a la ermita de San Marcos en el siglo XIX, ya que debajo de él, se conserva el retablo original. Es éste una pieza barroca realizada en yeso.
El retablo estaba presidido por un Crucificado de cuatro clavos realizado en 1616 por el granadino Alonso de Mena, como ha demostrado el profesor Villar Movellán; fue restaurado por Enrique Ortega en 2002, gracias al interés del párroco don Fernando Cruz Conde, con lo que la imagen ha recobrado toda su belleza.
M. ª Ángeles Raya Raya, Carcabuey: Monumental, histórico, artístico. Edita: Ayuntamiento de Carcabuey (Área de Cultura), CajaSur (Obra Social y Cultural), España, 2005, Pp 115-118.
