La presencia de los Fernández de Córdoba en Carcabuey inaugura un periodo de una gran importancia para la villa gracias a la preocupación que el titular del Marquesado de Priego manifiesta por la misma. Las medidas favorables para la llegada de nuevos colonos surten sus efectos y, poco a poco, estas tierras se benefician de la llegada de repobladores.
La forma y circunstancias en las que los nuevos señores compran los derechos de la villa no están claras porque el propio vendedor no acepta el acuerdo. La razón de este descontento es que era menor de edad cuando su madre y tutora decide realizar esta operación que, sin embargo, él no aprueba cuando alcanza la mayoría de edad. Personas entendidas en leyes aconsejan al rey que atienda las peticiones de la Casa de Berrio, pero la realidad es que la operación se anula.
A lo largo de este periodo Carcabuey adquiere una configuración de una villa típica de la época. Se dota de los edificios públicos y religiosos necesarios, embellece sus calles con plazas y fuentes, y comienza su funcionamiento y organización bajo la dependencia de una de las familias más importantes de Andalucía. El engrandecimiento de esta villa, aunque es importante, no es comparable al experimentado por sus señores, que se benefician de los favores regios y se convierten en una de las familias más grandes de España, cuando sobre ellos recae el importante título nobiliario del Ducado de Medinaceli.
A lo largo de este periodo de Carcabuey adquiere una configuración urbana que poco se diferencia del modelo actual; en cierto modo, sus límites son los mismos. Entre sus gentes sobresalen las familias hidalgas que gozan de numerosos privilegios en la villa y que distinguen sus viviendas en emblemas heráldicos que aún se conservan.
Carcabuey se beneficia de la riqueza artística que florece en sus alrededores. Los maestros más importantes que trabajan en las ciudades vecinas, sobre todo en Priego, dejan su huella en Carcabuey. Sorprende la importancia de un patrimonio artístico tan valioso en una villa de sus dimensiones y potencial económico. Maestros como Martín de Bolívar, Juan de Dios Santaella, Francisco Javier Pedrajas y Alonso de Mena han dejado muestras de su inmensa valía en Carcabuey.